Nuestra Organización Sindical, comenzó a dar sus primeros pasos a fines del año 1955 y durante el año 1956 se crea la Comisión Interferroviaria del Personal de Dirección (QUIENES ERAN FUERA DE CONVENIO) con Sede en Av. Maipú Nº 4, Capital Federal, constituida por 12 miembros (2 por cada Línea Ferroviaria) siendo su figura más destacada el extinto compañero Roberto J. BENAMOR. La Comisión reclamaba permanentemente por los legítimos derechos de los trabajadores representados ante el Presidente de la Nación, Ministerio de Trabajo y al Director de la Empresa de Ferrocarriles Argentinos (EFEA). 
Finalmente es fundada el 5 de Abril de 1957 con posterior Personería Gremial Nº 364, poniéndonos en pie de igualdad en deberes y derechos y en fuerza de representación con todos los Gremios.

En 1962  toda la actividad sindical y política del personal Jerárquico Ferroportuario es Representado por  nuestra asociación. Puntualmente nuestra incumbencia se extiende desde el puerto de la ciudad de Barranqueras hasta Ushuaia. Trabajamos arduamente durante todo el proceso de transformación,  hoy podemos contar con la representación de todos los puertos marítimos y fluviales, en orden a nuestro ámbito de representación.

 Desde el principio hasta el presente, queremos homenajear a todos aquellos compañeros que contribuyeron a plasmar los fundamentos que signaron la creación y el crecimiento de APDFA y también para todos los miles de representados que construyeron un espacio de lucha común en cada lugar de trabajo. El futuro depende de lo que hoy en el presente seamos capaces de forjar todos y cada uno de los que en UNIDAD integramos la APDFA, que tiene Seccionales y actuación en todo el territorio de la República Argentina. Su Estatuto a través, de 178 Artículos, fija todos los derechos y obligaciones de sus distintos niveles de representación y es por lo tanto la Ley Suprema de la Organización. 
En el año 1974 se produce un hecho significativo que tiene como eje el Congreso de Delegados que se desarrolla en la última semana de Julio de 1974 en Carlos Paz. Se aprueba como cuerpo doctrinario un verdadero Programa de Transformación Ferroviaria denominado “Pautas y Objetivos para la Confección de un Plan Ferroviario”. Asimismo se toma la determinación de transformar la Asociación en una Organización de lucha por las reivindicaciones gremiales y la confluencia con las luchas del Movimiento Obrero Organizado. En ese momento nuestro Secretario General era el Ingeniero Elido Veschi. En 1975, respondiendo a políticas diseñadas por un Sector de la llamada “burocracia sindical” que pretendían el unicato sindical, APDFA lucha para no ser absorbida por la Unión Ferroviaria. Donde se convoco a una manifestación con movilización en la cual participaron más de 2000 personas en el MINISTERIO DE TRABAJO. El golpe del 24 de Marzo de 1976 encuentra la gremio en un Paro General, acompañado por La Fraternidad, para impedir el traspaso a la Unión Ferroviaria.
Después viene la larga noche de la dictadura con secuestros de algunos militantes que luego fueron liberados. Nuevamente el objetivo político es achicar al máximo el Sistema Ferroviario Nacional. Despidos, cierre de Talleres y Ramales presionan permanentemente sobre los trabajadores ferroviarios y ferroportuaríos. La resistencia al proceso se hace a través de la creación del Centro de Investigaciones Ferroviarias y del Transporte (CIFyT), desarrollando Estudios y Proyectos que rebatían las medidas que se pretendían tomar contra los Ferrocarriles, gracias a esto APDFA fue invitada a diversos congreso y simposios. Explotar las diferentes visiones y ambiciones de los integrantes del gobierno militar, permitió evitar el cierre o eliminación de algún Taller Ferroviario o algún Ramal. En plena dictadura participamos desde su fundación, en el Grupo de los 25, conjunto de sindicatos que algunos designaban como combativos. En Mayo de 1981 por fuerte presión de funcionarios de la Secretaría de Transporte del equipo de Martínez de Hoz y la defección de unos pocos miembros de la Comisión Directiva de ese entonces, el Gobierno Militar interviene a A.P.D.F.A. 
Recuperada la Democracia y la Institución, se abre una instancia de reconstrucción gremial y de apertura participativa. La Entidad se revitaliza y acuerda con los otros Gremios Ferroviarios en una visión común para las Políticas Ferroviaria y Ferroportuaria. Al comenzar a explicitarse las políticas privatizadoras hacia 1988, APDFA aumenta su protagonismo discutiendo con los trabajadores y en debates públicos su posición en cada caso. El Gobierno de Menem a través de la aprobación de las Leyes 23.696 y 23.697, legalizó las condiciones en que se iba a desarrollar el mayor saqueo del Patrimonio de los Argentinos revestido de los conceptos de modernidad y transformación que gran parte de la Sociedad creyó, eliminando la posibilidad de debate y pensamiento crítico. Frente a esta situación, los Gremios Ferroviarios creamos la “intersindical” para enfrentar lo que venía, Participamos en la CGT. de la Comisión que integró a los Gremios de Empresas Estatales. Sin embargo, la defección de dirigentes de gremios claves como el SUPE, la Unión Ferroviaria, la FOETRA Nacional, desarticularon la posibilidad de resistir al proceso de saqueo y destrucción que se desarrolló en poco tiempo.